Kaninchen können leider auch krank werden. Gegen einige Krankheiten, die speziell Kaninchen betreffen, werden Impfungen angeboten.
Kaninchen können gegen die hochansteckende und leider häufig tödlich verlaufende Myxomatose geimpft werden. Die Erreger dieser Viruskrankheit werden durch Mücken übertragen. Ebenfalls eine Viruserkrankung ist die Chinaseuche. Sie nimmt fast immer einen tödlichen Verlauf. Auch gegen sie können Kaninchen geimpft werden.
Bei unkastrierten Kaninchenpaaren kann es auch zur Kaninchensyphilis kommen, die durch die Paarung übertragen wird. Nach der Diagnose bekommen die Kaninchen Penicillin verabreicht. Auch beim ansteckenden Kaninchenschnupfen werden Antibiotika eingesetzt.
Die Mondseher-Krankheit wird durch Einzeller verursacht, die die Nerven angreifen. Dadurch halten die Tiere bei fortschreitender Erkrankung den Kopf schief. Auch die Nieren können angegriffen werden. Eine Behandlung ist möglich und die Symptome können wieder abklingen.
Durch einen anderen Einzeller kann das Kaninchen unter Durchfall leiden, auch die Leber kann geschädigt werden. Gleichzeitig zu dem vom Tierarzt verordneten Medikament muss alles, womit das Kaninchen in Berührung kommt, desinfiziert und die Tiere müssen voneinander getrennt werden.
Durch falsches Futter oder falsche Futterkombination können Kaninchen Magenblähungen bekommen, die bis zum Tod der Tiere führen können, weil die Verdauung nicht mehr funktioniert.
Durch falsches Futter oder auch verformten Kiefer oder Schädel können die Zähne nicht richtig abgerieben werden, was dazu führt, dass die Zähne zu lang werden. Das Kaninchen kann dann nicht mehr ordentlich fressen und verhungert im schlimmsten Fall. Ebenfalls kann es zu Verwachsungen an den Zähnen kommen, sodass sich Haken an ihnen bilden, mit denen sich das Kaninchen im Maul verletzen kann. Ein Tierarzt kann die Zähne kürzen und die Haken entfernen. Ist eine solche Veranlagung bei einem Tier bekannt, muss man es regelmässig beobachten.
Weniger schlimm, für ein Kaninchen aber störend, kann ein Krallenwachstum sein. Die Nägel an den Pfoten wachsen dann, weil sie nicht durch Graben oder festen Boden abgenutzt werden können, und verformen sich teilweise korkenzieherartig. Das Kaninchen kann dann nicht mehr richtig laufen, die Nägel können einwachsen. Man sollte sich einmal zeigen lassen, worauf man beim Krallenschneiden achten muss, und die Pfoten dann regelmässig selbst kontrollieren.